審計部於10月20日發出公告表示，花蓮縣文化局經管考古博物館，經審計部臺灣省花蓮縣審計室查核發現，該館未取得使用執照即開館營運，且館前停車場屢遭非參館遊客長時間占用，銷售藝術家寄賣商品規範訂定未周延等管理欠妥情事，經函請研謀改善，已取得使用執照，並強化場館使用管理措施，以維護遊客安全與提升參館意願。

    審計室指出，依建築法及台灣電力股份有限公司電價規定，建築物非經領得使用執照，不得接水、接電及使用；臨時性設施如展覽會等按臨時用電供應，並以用電費率1.6倍計收。
    然而，審計室分別於111年3月及112年3月查核發現，考古館未取得使用執照即自110年2月起開館營運，以臨時用電供應電力，電價長期按一般電價1.6倍計費，衍生70萬餘元之不經濟支出；考古館前停車場遭非參館遊客占用，輿論屢關注參觀考古館不易停車或停車位遭非遊客久停，影響遊客參館意願；銷售藝術家寄賣商品相關規範未妥訂應屬寄賣人收益部分之撥款期限等情事。審計室遂分別於111年5月間及112年6月間函請文化局督導研謀改善。
    審計室表示，經追蹤改善情形，經配置合規消防設施與規劃逃生及無障礙動線，已於111年11月取得考古館使用執照，並改採一般電價計費；於112年6月訂定館前廣場管理規範，公告開館期間僅供參館遊客停放車輛，同年7月訂定代銷商品貨款支付流程期限，健全場館使用管理措施，以維護遊客安全與提升參館意願。
    而花蓮縣文化局在審計部10月20日發出此公告至今，尚未針對審計部敦請花蓮縣考古博物館改善之事項發表任何回應。